自然景區(qū)主要是指依托山、水、林、木等獨特的自然環(huán)境及資源而開發(fā)成的景區(qū)，包括國家自然保護區(qū)、森林公園、地質公園、水利風景區(qū)等。其中，自然保護區(qū)可以分為科研保護區(qū)、國家公園 ( 即風景名勝區(qū) )、管理區(qū)和資源管理保護區(qū)四類。需要注意的是有些自然保護區(qū)同時是森林公園，如湖南張家界森林公園。
現階段我國自然保護區(qū)實行環(huán)保部部門綜合管理和分部門管理相結合的管理體制，即統(tǒng)一監(jiān)督管理與分類主管并存。國家環(huán)保部門（包括國家環(huán)保部、省環(huán)保廳、地方環(huán)保局、環(huán)保所、環(huán)境監(jiān)測站、環(huán)保研究所等）負責全國自然保護區(qū)的綜合管理協(xié)調；林業(yè)、農業(yè)、國土、水利、海洋、建設等有關行政主管部門在各自職責范圍內主管有關的自然保護區(qū)。但在實際操作過程中，環(huán)保部的綜合協(xié)調權限不明確，沒有達到實質性的中央垂直管理，以分部門管理為主的自然保護區(qū)存在多職能部門交錯管理、政務重復煩瑣、工作效率低等問題?！吨腥A人民共和國自然保護區(qū)條例》第二十一條規(guī)定，國家級自然保護區(qū)由所在地的省、自治區(qū)、直轄市人民政府有關自然保護區(qū)行政主管部門或者國務院有關自然保護區(qū)行政主管部門管理，地方級自然保護區(qū)由其所在地的縣級以上地方人民政府有關自然保護區(qū)行政主管部門管理。但在實際操作中，無論是國家級還是地方級的自然保護區(qū)，基本上都是由地方政府負責保護區(qū)的日常管理工作，通常是成立專門的管理委員會或管理局。但地方政府多從地區(qū)利益及發(fā)展出發(fā)，無法從國家層面全面統(tǒng)籌規(guī)劃自然保護區(qū)工作，加之基層管理機構設置不規(guī)范、資金缺乏，使得我國大多保護區(qū)管理薄弱、相關法律機制缺失、基礎建設薄弱、信息監(jiān)測和收集缺乏、監(jiān)督核查機制缺乏。在我國以政府為主導進行保護區(qū)管理的背景下，現階段主要有以下幾種自然保護區(qū)管理模式。
1. 行政主管部門管理
我國大多數的自然保護區(qū)都擁有多種自然資源，其均由保護區(qū)所轄資源的對口部門進行管理，如保護區(qū)中陸生野生動物歸林業(yè)部門管理，水生野生動物歸漁政部門管理，保護區(qū)中的水域、水體及水工程歸水利部門管理，水道和航道歸水運部門管理等。此外，還有國家中央直接管理模式，如陜西佛坪保護區(qū)、四川臥龍保護區(qū)、甘肅白水江保護區(qū)等是由國家林業(yè)局直接投資建設和管理的自然保護區(qū)。
2. 行政與事業(yè)合一管理
臥龍自然保護區(qū)是目前全國唯一的“行政和事業(yè)管理功能”合一的自然保護區(qū)。該模式是在保護區(qū)內專門成立特別行政區(qū)，與國家林業(yè)局自然保護區(qū)管理局實行“兩塊牌子、一套班子、合署辦公”的管理體制，并接受國家林業(yè)局和省政府的領導，省政府和國家林業(yè)局均委托省林業(yè)廳代管。
3. 多事業(yè)單位合一管理
有些自然保護區(qū)同時是風景名勝區(qū)，如黑龍江五大連池、四川九寨溝；有些自然保護區(qū)既是風景名勝區(qū)也是森林公園，如湖南張家界、黑龍江鏡泊湖。相應地，這些保護區(qū)往往會涉及多個事業(yè)單位管理主體，如九寨溝景區(qū)有國家級自然保護區(qū)管理局和風景名勝區(qū)管理局，張家界景區(qū)有自然保護區(qū)管理局和國家森林公園管理處。景區(qū)的多頭管理會導致管理混亂、無序及低效率，因而多管理主體合一成為必然趨勢。如九寨溝國家級自然保區(qū)管理局和九寨溝風景名勝區(qū)管理局合并成立了九寨溝管理局，形成了“兩塊牌子、套人馬、統(tǒng)一管理”的管理體制，九寨溝管理局成為經費全額自收自支的事業(yè)單位。
4. 學校、科研院所和地方政府共管
如廣東鼎湖山自然保護區(qū)、湖南省烏云界自然保護區(qū)、八大公山國家級自然保護區(qū)等。充分結合高校、科研院所的研究特點及科研需求，聯合各級政府共同出資建設管理保護區(qū)，可減輕國家財政壓力，推進產學研合作共贏。一方面，保護區(qū)為學校、研究院所提供了天然場地和資源庫供其研究；另一方面，有關自然資源的研究成果或經驗，可幫助保護區(qū)維護自然資源和生態(tài)環(huán)境，促進其可持續(xù)發(fā)展。但在實際操作中，難免存在管理體制不清晰、機構重疊設置、管理溝通效率低的現象。
政府管理自然保護區(qū)仍然是當下各國自然保護區(qū)管理的主要模式，但政府直接管制的成本相對較高，且管理效率較低。隨著社會各界生態(tài)環(huán)保意識的提高、民間環(huán)保力量的壯大，自然保護區(qū)可以探索和示范一些新的管理模式，如采取“保護區(qū) + 社區(qū)”共管模式，充分發(fā)動當地社區(qū)居民力量，塑造其“綠水青山就是金山銀山”的環(huán)保意識，讓當地居民主動參與到保護區(qū)管理中，以實現保護區(qū)與社區(qū)共融發(fā)展；采取“合約托管 +政府監(jiān)督”的模式，充分發(fā)揮 NGO、中華環(huán)保聯合會、公益基金會等社會環(huán)保組織的資金力量、專業(yè)力量及擅長社區(qū)溝通等優(yōu)點，將保護區(qū)部分管理委托給這些社會團體，政府發(fā)揮監(jiān)督和提供政策支持的作用。
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